药物治疗原则
第一，所有的药物治疗都是辅助性的对症性的治疗；单靠药物不能解决孤独症的核心问题；
第二，当患儿出现某些症状如刻板重复，攻击，自伤，破坏，严重的情绪行为问题以及极端多动时，可以合理使用一些药物，对症治疗，有利于患者的康复训练的实施，也有助于提高患儿的生活质量，改善其生存环境和待遇；
第三，采取尽可能低但临床有效的剂量治疗。
临床上常用药物大多为抗精神病药以利培酮为代表的第二代抗精神病药物已经被美国食品药品管理局（FDA）批准用于治疗6岁以上儿童孤独症。这类药物主要针对孤独症儿童的重复刻板、攻击、自伤行为以及易激惹、焦虑、神经过敏等情绪症状；
 抗抑郁剂选择性5－羟色胺再摄取抑制剂（Selective Serotonin Reuptake Inhibitors,SSRI）是一类新型且在当代临床使用最为广泛的抗抑郁剂对孤独症患儿的焦虑、刻板、重复行为有效；针对多动、注意缺陷的治疗临床常用药物如托莫西汀(atomoxetine)可乐定（clonidine）哌甲酯（Methylphenidate），有助于控制儿童注意力不集中，减少多动、冲动等行为